Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej został utworzony 10 stycznia 1973 roku w ramach powołanego wówczas w Akademii Medycznej w Lodzi Instytutu Patologii. W tej strukturze pozostawał do roku 1992. Podobnie jak powstałe jednocześnie: Zakład Mikrobiologii Lekarskiej i Zakład Immunologii, wywodzi się z istniejącego wcześniej Zakładu Bakteriologii. Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej został utworzony w celu kształcenia studentów Wydziału Farmaceutycznego. Od momentu jego powstania do roku 2000 jego kierownikiem był prof. Jerzy Mikucki. W latach 1992–2001 Zakład był częścią Międzywydziałowej Katedry Mikrobiologii. W 2001 roku Zakład został ulokowany w strukturze Wydziału Farmaceutycznego jako jednostka Katedry Biologii i Biotechnologii Farmaceutycznej. W 2001-2021 kierownikiem Zakładu była prof. Eligia Maria Szewczyk. W roku 2021 Zakład został przeniesiony do gmachu Wydziału Farmaceutycznego i został włączony do Katedry Diagnostyki Laboratoryjnej i Molekularnej.
